دراسة إنزيم الليزوزيم بوجود وفي غياب الركيزة

  الصفحة الرئيسية

 يعمل الليزوزيم على كسر الجدار البكتيري المتكون من سكريات متعددة ، والجزء المسؤول عن هذه العملية هو الموقع الفعال  ،   لفهم  النشاط  الإنزيمي يتطلب معرفة العلاقة بين الإنزيم والركيزة.                                                                                                                            نقوم بفتح Lysozyme في وجود الركيزة ( 1HEW) ثم نقوم بالخطوات التالية   :

  انقر على الزر                                                                                    Atomes/ Colorer  par/ Chaine واستعمل  تعليمة  

لعرض البنية الفراغية للبروتين يجب إلغاء جزيئة الماء التي لا يمكن اعتبارها جزء من الإنزيم .          

 انقر على الزر تظهر نافذة بعنوان Sélection d'atomes اكتب عليها (HOH) كي تستثني الماء ، انقر على OK    نتحصل على الشكل التالي:

 يظهرالإنزيم بالشكل المكدس ، تظهر الذرات المكونة للإنزيم باللون الأزرق ، بينما الركيزة باللون الأحمر لتحديد الموقع الفعال يجب تحديد المركز ثم  الذرات المحيطة به ( المركز )                       نعتبر أن NAG3 هو المركز ، وهو مثبط تنافسي يرتبط بالموقع الفعال بإتباع الخطوات التالية :              النقر على الزر ثم على Editer /Commande تظهر نافذة اكتب عليها الأمر

     (restrict within (8.0,nag  كما هو موضح في الشكل التالي .

 انقر على الزر OK في النافذة نتحصل على الشكل التالي :

عند تمرير الفأرة على الجزء الذي تم تحديده وقراءة الذرات في أسفل لوحة التحكم نجد    رقم  الأحماض الأمينية المتدخلة في الموقع الفعال هو107،106،63،6252،35 على الترتيب.ثم قم باختيار كل الذرات المكونة للإنزيم بالنقر على الزر  ثم اختر العرض  بالنموذج الكروي  في نفس النافذة

(Rasmol editeur de commandes ) .

 اكتب العبارةselecte within (8.0, NAG  ثم غير لون العرض مثلا اللون الأصفر باستعمال الزر  ثم انقر على الزر اكتب فيها NAG ثم اختر اللون الأحمر .

توضيح موضع الأحماض الأمينية الموجودة في الموقع الفعال :

 يمكن إظهارها بشكل واضح باتباع الخطوات التالية  Rubans /Squelette de carboné لعرض الإنزيم ، ثم النقر على اكتب فيها مايلي 35,52,62,63,101,107 .ثم انقر على Eléments  واختر HOH  ثم إلغاء العرض باستعمال الزر  للتعرف على أسماء الأحماض الأمينية المتدخلة في الموقع الفعال انقرMolécule /Information /Groupe sélectionné  تظهر النافذة التالية  :

  النافذة تمثل الأحماض الأمينية المتدخلة في الموقع الفعال والتي يتم ارتباطها بالركيزة.

   تحديد موقع  تفكيك الركيزة :    

إن الركيزة التي يعمل عليها الإنزيم هي NAG6 ، ويتم تحليلها إلى جزئين سنقوم بفتح ملف الإنزيم مرتبط مع الركيزة  NAG6    ونتبع الخطوات التالية لرؤية ارتباط الإنزيم بالركيزة . نتبع الخطوات التالية :

 بعدها اختر العرض بنموذج الكرة ، NAG واكتب في النافذة التي تظهر ثم انقر على الزر  Rubans /Squelette de carboné  

  تظهر النتيجة في الشكل (1)عند اختيار الأحماض الأمينية الموجودة في الموقع الفعال باستعمال الزر وكتابتها في النافذة التي يتم

 إظهارها نتحصل على النتيجة في الشكل (2)

الأحماض الأمينية الملونة بالأزرق الفاتح هي المسؤولية عن عملية القطع وتتمثل في Glu 35 و Trp 52.

الشكل(2): الأحماض الأمينية المسؤولة عن

قطع الركيزة           

الشكل (1): يوضح موضع قطع الركيزة     

حمل ملف الليزوزيم Lysozyme