دراسة مضخة الكالسيوم باستعمال برنامج Rastop

 

 

تحديد الجذور الكارهة للماء والمحبة للماء :  

  افتح ملف مضخة الكالسيوم انقر على الزر ثم على Rubans /Afficher seul  

Propriétés /Hydrophobeلاختيار الأحماض الأمينية الكارهة للماء انقر على غير لون الذرات المختارة باستعمال الزر   مثلا اللون الأحمر نفس الشيء بالنسبة

 للمحبة للماء ولكن باختيار Propriétés / Polaires  واختر اللون لأزرق مثلا .

النتيجة

المنطقة الداخل غشائية تحتوي على أكثر عدد من الأحماض الأمينية الكارهة

 للماء بالمقارنة مع المنطقة خارج غشائية .

   عرض الأجزاء غير بروتينية في المضخة :

اتبع الخطوات التالية : انقر على  Rubans /Afficher seul  ثم على الزر    باستعمال تعليمةEditer/Commande اكتب في النافذة  select hetero  ثم انقرOK ثم على الزر   نتحصل على الشكل التالي :
 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

نلاحظ عدة جزيئات غير بروتينية ، جزيئتين من الكالسيوم (بلون الرمادي)

 ذرتين من المغنزيوم (بلون الأخضر) ، جزيئ من الـ ADP ومركب فلوريد

 الألمنيوم   AF3 للتأكد من ذلك انقر على :

 Molécule /Information /Groupe sélectionné       

          لرؤية موضع الأجزاء غير البروتينية انقر على هنا

 

 

 
 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  

موقع ارتباط الـ  ++ Ca:

انقر على   ثم على Rubans /Afficher seul 

restrict within (6.0,ca) واكتب في النافذة  Edite r/Commande ثم انقر على

 للتعرف على الأحماض الأمينية القريبة من الكالسيوم

         Molécule /Information /Groupe sélectionné

  كيفية ارتباط الكالسيوم:

انقر على Rubans /Effacer لإلغاء عرض النموذج الشريطي ثم انقر على الزر

 يظهر كيفية ارتباط الكالسيوم الأحماض الأمينية المجاورة له .

 
 

 

 

استعمل الزر Trans/Zoom لتكبير حجم الجزيئات انقر على الزر     ثم على

 الأحماض الأمينية المرتبطة بالكالسيوم للتعرف أسماءها .