Rastop أساسيات استعمال

  الصفحة الرئيسية

تشغيل البرنامج :

  عند فتح مجلد Rastop الذي تم تحميله يكون بالنقر مرتين على أيقونة البرنامج   تظهر النافذة الرئيسية للعرض الموضحة في الشكل أسفله.

تعليمات وأوامر راستوب: تسمح بتغيير طريقة العرض ، اللون والقياس ... تابع الشرح المفصل

نافذة العرض : يعرض فيها البروتين المدروس .

لوحة التحكم :تسمح بـ:   تغيير الحركة من حيث الدوران ، التكبير والتصغير.                     

  إعطاء معلومات حول البروتين .

تظهر النافذة الرئيسية فارغة ، ولعرض البروتينات فيها يتطلب فتح أحد ملفات البروتينات .

  فتح ملف البروتين :

 نشط التعليمة Fichier /Ouvrir  تظهر نافذة بعنوان Ouvrir ، اختر ملف البروتين الذي تريده ، كاختيارك  مثلا إنزيم الليزوزيم  الذي رمز(1HEW)     

 انقر على  Ouvrir يظهر على  النافذة الرئيسية للبرنامج إنزيم الليزوزيم . 

  تدوير وتحريك  البروتين :

 يتم تدوير الجزيئة بإتباع إحدى الطريقتين :

1) باستعمال الفأرة : حيث الزر الأيمن يسمح بتحريك الجزيئة من اليسار إلى  اليمين أو من الأعلى إلى الأسفل ، أما الزر الأيسر يسمح بتدوير الجزيئة   

حسب المعالم X,Y,Z

2) باستعمال لوحة التحكم وذلك بـ :

الزر Pivoter  النقر عليه يعمل على تدوير الجزيئة  .

الزر Trans /Zoom  تنشيطه وتحريك المسطرة (Z) يسمح بتكبير أو تصغير جزيئة البروتين.

الزرRot: تنشيطه وتحريك المسطرة (X ,Y ,Z) يسمح بتحريك الجزيئة في موضعها بالنسبة لمركز المعلم الفضائي X ,Y,Z

 تغيير عرض البروتين :

 تغيير طريقة العرض تسمح لنا بالتعرف على جوانب مختلفة للبروتين، وذلك بالنقر على أزرار العرض مباشرة من النافذة الرئيسية للبرنامج

لاحظ نتيجة تغيير نموذج العرض .

   إعطاء معلومات حول البروتين

    افتح ملف بروتين( 1HEW )  ثم انقر على Molécule / Information / Molécule

تظهر النافذة المقابلة تعطي معلومات بسيطة حول : اسم البروتين

 تصنيفه ،عدد(المجاميع ،الذرات و الروابط ) وعدد التراكيب الحلزونية

أما إذا أردت الحصول على معلومات مفصلة عن البروتين انقر

 Molécule / Fichier molécule

يتم فتح نافذة تعطي ملف البروتين على شكل( pdb).         

 :  مبادئ أساسية لاستعمال البرنامج

 إن فهم البنية الفراغية للبروتينات باستعمال برنامج راستوب تتطلب من المتعلم من التمكن من تحديد :

    تسلسل وموقع الأحماض الأمينية في البنية الفراغية.

  تمثيل الهيكل الكربوني وتحديد موقع الرابطة الببتيدية .

    اختيار ذرة أو حمض أميني وتميزه عن العناصر الأخرى .

    قياس المسافة بين ذرات الأحماض الأمينية المكونة للجزيئة .

   تغيير لون الجزيئة أو جزءا منها . 

    البنية الثانوية للبروتين . 

♠    تسلسل وموقع الأحماض الأمينية في البنية الفراغية

 إن ترتيب الأحماض الأمينية خطيا وارتباطها بواسطة الرابطة الببتيدية يعبر عن البنية الأولية للبروتين ، لمعرفة ترتيبها في البروتين ، افتح

ملف بروتين مثلا الأنسولين (2hiu)

انقر على  Molécule / Information / Groupe sélectionné  تظهر النافذة التي تعطي جميع الأحماض الأمينية ، تكرارها ورقمها .

من خلال النافذة يمكن تحديد الحمض الأميني الأول والأخير.