دراسة  إنزيم الليزوزيم

  الصفحة الرئيسية

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

   عدد  الأحماض الأمينية الداخلة في تركيب الإنزيم :

انقر على   Fichier /Ouvrir لفتح ملف الليزوزيم ،

 ثم انقر على   Molécule /Information /Molécule       

 تظهر نافذة تعطي معلومات بسيطة حول :  رمز ، اسم وتقسيم البروتين

 والمادة المرتبطة به و تصنيف الإنزيم.

 البنية الثانوية المعطاة منpdb نجد فيها :

  الرمز المعطى للجزيئة (1hew) حسب بنك البروتينات .

  عدد السلاسل الببتيدية 2 (للجزء البروتيني وغير البروتيني)

  عدد الأحماض الأمينية المكونة للجزء البروتيني 129 وما هو

   بين  قوسين 106 يمثل عدد الأجزاء غير البروتينية  .

 عدد الذرات للجزء البروتيني  1001 وعدد الذرات للجزء

غير البروتيني 146  

  عدد الروابط 1066

  عدد التراكيب الحلزونية  a هو 5 ، التراكيب الوريقية b هو 5 وعدد

 المناطق البينية هو 24 .

 

 

 

  تسلسل الأحماض الأمينية  :

Molécule /Information / Groupe sélectionné  انقر على

  يتكون الإنزيم  129  حمض أميني، باستعمال الفأرة نقوم بتحريك المسطرة

  سوءا نحو الأعلى أو الأسفل كماهو موضح في الشكل  يظهر تسلسل

 الأحماض الأمينية ، رقمها وموقعها في الجزيئة حيث يعني كل رمز:

H: موقع الذرة في التركيب الحلزوني ألفا.

T: موقع الذرة  في التركيب الو ريقي بيتا.

C: موقع الذرة في المنطقة البينية.

 والمجموعة غير البروتينية في الإنزيم .       

 

تعيين الحمض الأميني الأول والأخير  :  

  انقر على   تظهر النافذة ، اكتب اسم الحمض الأميني الأول والأخير 

  كما يلي : ( 1,129 ) ثم اختر العرض بنموذج الكرة ،

 للتأكد من رقم الحمض الأميني انقر على ثم  باستعمال الفأرة انقر على

 الحمض الأميني الذي تم اختياره في النموذج .                                                     

 

 

  تحديد الجزء البروتيني وغير البروتيني :

   اتبع الخطوات التالية : انقر  الزر ثم على الزر  ثم غير لون العرض بالنقر على  Atomes/ Colorer par/Chaine لاختيار العرض حسب السلسلة

  تتحصل على النتيجة التالية :

 

شكل يوضح تركيب الليزوزيم

النتيجة:

 يتكون الليزوزيم من جزء بروتيني ويتمثل في تسلسل الأحماض الأمينية ( اللون الأزرق ) ، والجزء غير بروتيني يتمثل في الركيزة ومجموعات HOH  

  (الماء) باللون الأحمر.

 ملاحظة :

   1) إن وجود مجموعة الـ HOH عند دراسة البنية الفراغية للإنزيم لا يعني أنها جزء منه ، بل له علاقة بكيفية استخلاص البروتين، لكن البرنامج يصنفه

      ضمن الأجزاء غير البروتينية  .

   2) العديد من البروتينات المدروسة لا تحدد فيها ذرة الهيدروجين لأنها أصغر جزيئة ، أما إذا كانت الدراسة دقيقة يحدد البرنامج  الهيدروجين باللون الأبيض  .

 

حمل ملفات الليزوزيم من  هذا الموقع