Rastop تعريف

أ زرار العرض Rastop تعليمات أساسيات استعمال البرنامج تحميل ملفات البروتينات تحميل البرنامج  

مواقع مكملة    Chime استعمال برنامج لوحة التحكم

 الصفحة الرئيسية:

دراسة  إنزيم الليزوزيم     

 

مقدمة:

 من الصعب فهم النشاط  الإنزيمي لدى المتعلمين ، لكن ظهور البرامج الخاصة بدراسة الجزيئات وعرض أبعادها الثلاثة سمح  بالتعمق أكثر في فهم آلية عمل الإنزيمات بصورة أفضل وعلاقتها بتركيبها الكيميائي .

 باستعمال برنامج Rastop سنقوم في هذا النشاط بدراسة البنية الفراغية لإنزيم الليزوزيم لمحاولة فهم آلية عمله على مستوى العضوية .

 

 

  عند فتح ملف Lysozyme الذي رمزه  1hew حسب PDB يظهر الشكل المقابل على الشاشة ، في البداية نتساءل  ماذا يمثل هذا الشكل  ؟                 

  يمثل الشكل إحدى الطرق لتمثيل البنية الفراغية لإنزيم الليزوزيم وهو النموذج  الخيطي.                                                                    وباستعمال تعليمات وأزرار برنامج Rastop يمكن الإجابة عن هذه الأسئلة التي       يمكن أن يطرحها كل متعلم لم يطلع مسبقا على التركيب الفراغي للإنزيم .

  المستوى الأول :

ما هي  مختلف الطرق لتغيير عرض النموذج ؟

 كيف يتم تحريك وتدوير إنزيم الليزوزيم ؟

كيف يتم تغيير لون إنزيم الليزوزيم ؟.

ماهو عدد الأحماض الأمينية المكونة للإنزيم ؟  

حدد الحمض الأميني الأول والأخير وميزهما بتغير عرضهما ؟

حدد الجزء البروتيني وغير البروتيني ؟

 

المستوى الثاني:

ماهي أنواع وعدد البنيات الثانوية في إنزيم الليزوزيم ؟

كيف يمكن تحديد مختلف الروابط التي تساهم في الحفاظ على ثبات بنية إنزيم الليزوزيم؟

كيف يتم دراسة العلاقة بين تشكل الجسور الكبريتية وموضع الحمض الأميني Cys؟

  1.  موضع الحمض الاميني cys في إنزيم الليزوزيم

  2.  المسافة الموجودة بين كل حمضين أمينيين  Cys .

  3. ماذا يمكن استنتاجه ؟

حدد السلاسل الكارهة للماء والمحبة للماء ؟ وماذا تستنتج ؟

حدد البنية الثالثية في إنزيم الليزوزيم؟

المستوى الثالث:

  حدد الموقع الفعال للانزيم والأحماض الأمينية المرتبطة بالموقع الفعال .

قارن بين الإنزيم والركيزة مع الإنزيم لوحده .

Lysozyme  حمل ملف الليزوزيم من الموقع